Pagrindinė Afrikos upė yra Nilo, turintis antros pagal ilgį upės pasaulyje rekordą. Jis gimė Burundyje ir turi du pagrindinius intakus - Baltąjį ir Mėlynąjį. Pirmasis kerta Afrikos didžiųjų ežerų zoną nuo Ruandos, per Tanzaniją, Ugandą ir Sudaną. Antrasis eina per Etiopiją ir Sudaną.
Netoli Sudano sostinės Chartumo susijungia kanalai ir prasideda šiaurinė upės dalis, kuri teka per Sudaną ir Egiptą. Egipto civilizacija nuo faraonų laikų priklausė nuo upės vandens, o net ir šiandien pagrindiniai šalies miestai yra Nilo slėnyje ir nuo jo priklauso drėkinimo projektuose, tokiuose kaip Asuano užtvanka. Jo burna sudaro deltą, nusėdusią vandenyse Viduržemio jūros. Jos hidrografinis baseinas užima apie 10% Afrikos paviršiaus.
Antra pagal svarbą žemyno upė yra Kongas. Jo ilgis yra daugiau nei keturi tūkstančiai kilometrų. Jos vandenys ir intakai eina per antrą pagal dydį atogrąžų mišką pasaulyje po Amazonės. Kongo Respublikos sostinė Brazavilis ir Kongo Demokratinės Respublikos sostinė Kinšasa yra ant upės kranto, kuris yra lengvai valdomas, ypač atkarpoje tarp šių dviejų miestų. Jis išteka per žiotį į Atlanto vandenyną.
Vakarų Afrikoje esanti Nigerio upė taip pat viršija keturis tūkstančius kilometrų. Jis gimė Gvinėjoje ir keliauja per Malį, Nigerą, Beniną ir Nigeriją, įtekėdamas į didelę deltą Atlante. Tam tikrose vietovėse juo galima plaukioti ir tampa veiksminga transporto priemone tarp šalių, kurias kerta. Malio sostinė Bamako yra upės tiltas per Nigerą.
Zambezi upė yra žemyno pietuose. Jis yra šiek tiek daugiau nei 2500 kilometrų ilgio. Jis gimė Zambijoje, kirsdamas Angolą, Zimbabvę ir Mozambiką, kur įteka į Indijos vandenyną, formuodamas didžiulę deltą. Jo kelią retkarčiais nutraukia slenksčiai ir kriokliai, todėl juo galima važiuoti tik nedideliais ruožais. Didžiausi jo trikdžiai yra Viktorijos krioklys, didžiausias pasaulyje ir UNESCO paskelbtas pasaulio paveldo objektu. Jos vandenys taip pat naudojami elektrai gaminti.
Pietų Afrikoje per tą šalį ir Mozambiką eina 1600 kilometrų ilgio Limpopo upė kad pagaliau deponuotų savo vandenis Indijos vandenyne.